磁学党支部主要经历三个阶段：1956~1983初期，1984~1999二联办党支部，之后恢复磁学实验室党支部。

1954年5月，中共应用物理所支部成立，全所共有20余名党员，王守愚任支部书记。
1956年12月22日，中共应用物理所总支部委员会成立，按当时北京市东城区所址东皇城根的建筑布局，下设前楼、后楼、行政、工厂4个党支部。磁学研究组的章综任后楼支部书记。
1959年，物理所迁入中关村新址后，磁学研究组扩大为磁学研究室，二室党支部相应成立。
1966年3月，中国科学院物理研究所第一届党委成立，磁学研究室（二室）党支部工作由施汝为、孟宪振等领导。
1977年11月，中国科学院物理研究所第二届党委成立，磁学研究室（二室）党支部工作由施汝为、郝柏林等领导。
1980年7月，物理所第三届党委成立，磁学研究室（二室）党支部工作由章综、王震西等领导。

1984年7月物理所取消研究室，各学术片的党员组成党支部，二联办党支部书记郑步远、副书记张效昌、组织委员詹文山、宣传委员黄锡成、纪检委员陈熙琛。
1992年6月，二联办党支部换届，支部书记孙崇庚、副书记沈保根、纪检委员张效昌、宣传委员唐宁、保卫委员钟夏平。
1995年7月，二联办支部换届，支部书记兼组织委员孙崇庚、副书记沈保根、纪检委员唐宁、宣传委员阎明朗、青年委员吴光恒。
1998年7月，二联办支部换届，支部书记孙崇庚、副书记沈保根、组织委员孟丽琴、纪检委员吴光恒、宣传委员兼青年委员张绍英。

2003年9月，二联办撤销后磁学实验室党支部换届，支部书记严启伟、宣传委员吴光恒、组织委员孟丽琴。
2005年9月，磁学实验室党支部换届，支部书记张宏伟、宣传委员吴光恒、组织委员孟丽琴。
2009年2月，磁学实验室党支部换届，支部书记王芳卫，其余支委成员包括孟丽琴、魏红祥、吴光恒、吕琴丽。
2013年1月，磁学与中子党支部换届，支部书记杨海涛、纪律委员于全芝、宣传委员刘恩克、组织委员邵晓萍、青年委员赵莹莹。
2018年9月，磁学与中子党支部换届，支部书记陆俊、副书记刘恩克、组织委员万蔡华、纪检委员于全芝、青年委员张慧与马怡妮娜。
2019年10月，磁学与中子党支部委员调整，支部书记孙阳、副书记陆俊、组织委员万蔡华、纪检委员于全芝、宣传委员刘恩克、青年委员马怡妮娜。
2022年12月，磁学与中子党支部换届，支部书记刘恩克、副书记兼学生辅导员陆俊、组织委员万蔡华、纪检委员于全芝、青年委员尉紫冰与薛浩璞。
2026年3月，磁学党支部换届，支部书记兼统战委员陆俊、副书记兼学生辅导员万蔡华、组织委员李西阳、宣传委员兼纪检委员潘昭、青年委员王嘉宁。